隨著對蛋白質(zhì)研究的不斷深入，人們將免疫沉淀方法與其他方法相結(jié)合，在其基礎(chǔ)上衍生出很多更為復(fù)雜的技術(shù)，使蛋白質(zhì)分析方法更為多樣化，應(yīng)用范圍更為廣泛。該技術(shù)現(xiàn)已廣泛應(yīng)用于基因、蛋白質(zhì)以其相互作用等研究領(lǐng)域。按應(yīng)用范圍分類，可分為以下四類：
1、免疫沉淀（Individual protein immunoprecipitation, IP）：利用抗體特異性從細(xì)胞裂解物或其他可溶性生物樣品中純化已知特定蛋白質(zhì)。IP與SDS-PAGE方法聯(lián)用時，可達到測量蛋白質(zhì)相對分子量，對已知抗原定量，確定蛋白質(zhì)降解速率等目的。
2、免疫共沉淀（Protein complex immunoprecipitation , Co-IP）：利用抗體沉淀相應(yīng)特定抗原，同時沉淀與該抗原相互結(jié)合的其他分子，主要用于研究蛋白質(zhì)相互作用。Co-IP與WB或質(zhì)譜方法結(jié)合，可用于確定特定蛋白-興趣蛋白在天然狀態(tài)下的結(jié)合情況，確定特定蛋白質(zhì)的新作用搭檔。
3、染色質(zhì)免疫沉淀（Chromatin immunoprecipitation, ChIP）：在活細(xì)胞狀態(tài)下固定蛋白質(zhì)-DNA復(fù)合物，并將其隨機切斷，通過免疫沉淀復(fù)合體特異性富集目的蛋白結(jié)合的DNA片段，再通過對DNA片段的純化和檢測，獲得蛋白質(zhì)與DNA相互作用的信息。ChIP不僅可以檢測體內(nèi)反式因子與DNA的動態(tài)作用，還可用于研究組蛋白的各種共價修飾與基因表達間的關(guān)系。將ChIP與基因芯片相結(jié)合形成的ChIP-on-chip方法，可用于特定反式因子靶基因的高通量篩選；ChIP與體內(nèi)足跡法相結(jié)合，可用于尋找反式因子的體內(nèi)結(jié)合位點。
4、RNA免疫沉淀（RNA immunoprecipitation, RIP）：其原理與ChIP相近，但RNA免疫沉淀是用來研究與蛋白質(zhì)結(jié)合的RNA在基因表達調(diào)控中的作用。
RIP技術(shù)（RNA Binding Protein Immunoprecipitation，RNA結(jié)合蛋白免疫沉淀），是研究細(xì)胞內(nèi)RNA與蛋白結(jié)合情況的技術(shù)，是了解轉(zhuǎn)錄后調(diào)控網(wǎng)絡(luò)動態(tài)過程的有力工具，能幫助我們發(fā)現(xiàn)miRNA的調(diào)節(jié)靶點。RIP這種新興的技術(shù)運用針對目標(biāo)蛋白的抗體把相應(yīng)的RNA-蛋白復(fù)合物沉淀下來，然后經(jīng)過分離純化就可以對結(jié)合在復(fù)合物上的RNA進行分析。RIP可以看成是普遍使用的染色質(zhì)免疫沉淀ChIP技術(shù)的類似應(yīng)用，但由于研究對象是RNA-蛋白復(fù)合物而不是DNA-蛋白復(fù)合物，RIP實驗的優(yōu)化條件與ChIP實驗不太相同（如復(fù)合物不需要固定，RIP反應(yīng)體系中的試劑和抗體絕對不能含有RNA酶，抗體需經(jīng)RIP實驗驗證等等）。RIP技術(shù)下游結(jié)合microarray技術(shù)被稱為RIP-Chip，幫助我們更高通量地了解癌癥以及其它疾病整體水平的RNA變化
免疫沉淀的關(guān)鍵影響因素
每種免疫沉淀方法都有一套固定的操作程序，但都是以抗原-抗體特異性結(jié)合為基礎(chǔ)。目前常規(guī)操作是利用共價結(jié)合蛋白A或蛋白G的瓊脂糖或磁性微球?qū)⒎磻?yīng)后的抗原-抗體復(fù)合物富集純化。蛋白A和蛋白G能特異地和抗體的保守區(qū)Fc段結(jié)合，形成穩(wěn)定的抗原-抗體復(fù)合物附著在微球上，溶液內(nèi)無關(guān)的分子可以通過洗滌微球被清除，最后，再采用一系列方法分析純化抗原或與抗原結(jié)合的其他分子。整個過程中值得注意的幾個關(guān)鍵影響因素如下：
1、樣品處理的質(zhì)量
免疫沉淀實驗成功的關(guān)鍵在于第一步樣品處理。免疫沉淀實驗本質(zhì)是處于天然構(gòu)象狀態(tài)的抗原和抗體之間的反應(yīng)，而樣品處理的質(zhì)量決定了抗原抗體反應(yīng)中抗原的質(zhì)量，如抗原的豐度及抗原的構(gòu)象狀態(tài)。
樣品處理應(yīng)根據(jù)抗原樣品的來源如組織樣品、細(xì)胞或其他形式的樣品，選擇適當(dāng)?shù)姆绞竭M行細(xì)胞或組織破碎，使待檢抗原釋放至樣品溶液中。裂解緩沖液的使用應(yīng)注意添加合適的蛋白酶抑制，避免抗原或抗原-其他分子復(fù)合物被降解，另外，應(yīng)選用去垢劑強度合適的裂解液，既保證有效裂解細(xì)胞釋放抗原又不破壞蛋白質(zhì)之間的相互作用。
2、抗體的選擇
在考慮抗體特異性的同時，還需考慮抗體對抗原的親和力，如單克隆抗體只對抗原的單一表位具有良好的特異性，因此在免疫沉淀中如果抗原表位暴露不充分，受到破壞，或受其他因素影響，造成抗體不能識別抗原，無法有效形成免疫沉淀復(fù)合物，那么這將直接影響免疫沉淀的結(jié)果。而多克隆抗體或混合單克隆抗體可以和抗原的多個表位結(jié)合，從而解決親和力的問題。但是，并不是所有抗體都能用于免疫沉淀，應(yīng)選用經(jīng)IP實驗驗證后的抗體以確保實驗結(jié)果的可靠性。此外，不同類型、同類不同亞型的抗體對蛋白 A或G的親和力不同，應(yīng)選擇合適的抗體及微球用于免疫沉淀。
3、微球的選擇
目前廣泛應(yīng)用于免疫沉淀的微球以結(jié)合了蛋白 A或G的瓊脂糖和磁性微球為主。瓊脂糖材料是無色透明、粒徑達微米級的具有多孔表面的微球，有巨大的表面積，蛋白結(jié)合量高，曾一度成為免疫沉淀技術(shù)中的主要材料。但在免疫沉淀操作中需要采用離心的方法達到固液分離，而反復(fù)離心產(chǎn)生的物理應(yīng)力極易破壞蛋白的天然構(gòu)象及完整性，且由于瓊脂糖本身容易破碎，不易保存，限制了瓊脂糖微球在免疫沉淀中的發(fā)展。相比之下，磁性微球其核心為超順磁性粒子，核心外層包裹一層高分子材料，表面平滑，粒徑可達納米級，比表面積大，單位重量的微球蛋白結(jié)合量更大。超順磁性微球可以在外加磁場中表現(xiàn)磁性，實現(xiàn)快速有效分離，大大縮短實驗操作時間。溫和的磁性分離方式避免反復(fù)離心對蛋白天然構(gòu)象及完整性的破壞。超順磁性微球在增大機械強度和穩(wěn)定性的同時，縮減了產(chǎn)品造價。上述的優(yōu)勢使超順磁性微球成為免疫沉淀試劑盒行業(yè)的新秀，逐漸被研究者所采用。